草菇磷酸果糖激酶（PFK）基因克隆、结构及不同菌株中表达量分析（文献免费下载）

春雨菌业

      从福建主栽品种屏优一号PY分离到2个不能正常出菇的单孢菌株PYd21、PYd15，二者配对杂交得到可正常出菇异核菌株H15-21。用solexa测序技术对PYd21基因组从头测序（de novo sequencing），对PYd15、PYd21、H15-21的菌丝体分别进行数字基因表达谱测序，对8个样品（PYd15、PYd21、H15-21的菌丝体，H15-21出菇后的原基、钮扣期菌柄、蛋形期菌柄、伸长期菌柄和成熟期菌柄）mRNA等量混合物进行转录组测序。克隆测序了PYd21与PYd15中磷酸果糖激酶（PFK）基因，比对结果表明二者序列一致。利用转录组数据对PFK基因结构进行分析，结果表明：该基因全长3,494bp，有12个外显子、11个内含子；开放阅读框（ORF）全长2,457bp，编码818个氨基酸，5′端非翻译区（5′UTR）长度281bp，3′端非翻译区（3′UTR）全长103bp；RNA在加工过程中存在1种可变剪切类型、6个可变剪切位点。数字基因表达谱分析结果表明，PFK基因在PYd21、PYd15及H15-21中的标准表达量分别为71.08、120.61、251.85（transcript per million clean tags，TPM），表达量依次升高，与菌丝生长速度显著正相关。并且异核菌株H15-21表达量高于2个单孢菌株之和，基因表达存在协同增效作用。采用实时荧光定量PCR技术对基因表达量进行验证，表达谱数据切实可靠。
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2013-8-17 19:33 上传

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